Organisasi Perangkat Daerah Kecamatan Gandusari terdiri dari :
1. Camat
2. Sekretaris Kecamatan, membawahi :
a. Sub Bagian Perencanaan, Pelaporan dan Keuangan
b. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
3. Seksi Tata pemerintahan
4. Seksi Ketentraman dan Ketertiban Umum
5. Seksi Perekonomian dan Pembangunan
6. Seksi Kesejahteraan Rakyat
7. Kelompok Fungsional